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Gatekeeper, introduit dans Mountain Lion (OS X 10.8), est conçu pour empêcher le lancement d'applications potentiellement malveillantes. Lorsque vous essayez de lancer une application qui ne répond pas à certains critères, Gatekeeper bloque le lancement. Pour remplacer cette option, cliquez sur l'application et choisissez Ouvrir. Pour ce faire:

1. Téléchargez le fichier .jar pour chaque sim que vous souhaitez utiliser (ou téléchargez-les tous).
2. Dans le Finder, cliquez sur l'icône de la simulation avec le bouton contrôle/droit.
3. Sélectionnez Ouvrir dans la partie supérieure du menu contextuel qui apparaît.
4. Cliquez sur Ouvrir dans la boîte de dialogue. Si vous y êtes invité, entrez un nom d'administrateur et un mot de passe.

Les versions Java et Flash de 'Formes des molécules', 'Plaques tectoniques' et 'Formes des molécules: les bases' s'appuient sur des bibliothèques graphiques avancées (LWJGL) que beaucoup de combinaisons OS et Java ne prennent pas en charge. Cette boîte de dialogue apparaît sur tous les systèmes Mac OS X. Malheureusement, à l'heure actuelle, le problème de l'incompatibilité ne dépend pas de nous. À moins que Oracle ou Apple ne résolvent ce problème, il est peu probable que ces sims s'exécutent avec succès.