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Mountain Lion (OS X 10.8)에 의해 도입된 Gatekeeper는 사악한 앱의 시작을 방지하기 우해 제작되었습니다. 따라서 이 기준에 부합하는 앱을 시작하면 Gatekeeper가 이를 저지합니다. 이 문제를 해결하기 위해서는 다음과 같이 하십시오:

1. 사용하고자 하는 각 시뮬에이션의 jar file을 내려받으십시오.
2. Finder에서 그 시뮬에이션 아이콘을 오른쪽 마우스 클릭하십시오.
3. 나타나는 메뉴 상단에서에서 Open을 선택하십시오.
4. 대화상자의 Open을 클릭하십시오. 그리고 사용자의 이름과 비밀번호를 입력하십시오.


파이어폭스
파이오폭스에서 시뮬에이션을 열 때 파이어폭스가 이 파일에 대해 무엇을 해야할지를 대화상자가 나타납니다. Open with Java Web Start를 클릭하십시오(디폴트). 그러면 이 파일을 확인되지 아니한 개발자의 것이므로 파일을 열 수 없다는 메시지가 나타납니다. 그러면 FAQ의 적절한 지시에 따라 그 시뮬레이션에 해당하는 .jar 파일을 내려 받으십시오.



크롬:
크롬으로 시뮬레이션을 열면 브라우저가 이 파일을 버릴 수 보존할지를 즉각 묻는 질문이 나타납니다. 이 안내는 화면 아래쪽에서 나타납니다. '보존(Keep)'을 클릭하십시면 새로 내려받은 파일을 열어주는 아이콘을 보여줍니다. 시뮬레이션을 실행하기 위해 이를 클릭합니다. 만일 "이 시뮬레이션은 확인되지 아니한 개발자의 것이므로 열 수 없다는 메시지가 나타나면 FAQ의 적절한 안내에 따라 그 시뮬레이션의 .jar 파일을 내려 받으십시오.


사파리
사파리로 시뮬레이션을 열 때 "지금 실행"을 클릭하면 자동적으로 .jnlp 파일을 내려받을 수 있습니다. 최근 다운로드된 파일들을 확이하기 위해 다운로드 버튼을 클릭하십시오. 시뮬에이션을 실행하기 위해 마지막 .jnlp 파일을 클릭하십시오. 이 때 이 시뮬레이션이 확인되지 아니한 개발자의 것이므로 열 수 없다는 메시지가 나타나면 FAQ의 적절한 안내에 따라 그 시뮬레이션의 .jar 파일을 내려 받으십시오.

'지금 실행" 파일에 사용되는 '.jnlp' 파일을 열기 위해서는 Java Web Start를 사용해야 합니다. . Java Web Start는 Java 설치시에 함께 설치되는 어플입니다. 파일을 열기 위해 어떤 오플리케이션을 사용하겠느냐는 질문에 대해 "프로그램 선택"을 클릭하면 찾기 윈도우가 열릴 것입니다. Press Command-Shift-G 를 누르면 다음 폴더로 갈 수 있습니다.
Paste this folder: /System/Library/CoreServices
이 곳이 바로 mac 설치 시에 Java-Web-Starter가 설치되는 곳입니다. 이 곳에서 'Java-Web-Start' 앺을 선택하십시오.

자바와 플래시 버전의 "분자의 구조", "지각판 구조 지질학", "분자의 구조: 기초"는 여러 OS와 자바의 결합을 지원하지 않는 고급 그라픽 기술(LWJGL)을 사용합니다.. 따라서 이 대화창의 모든 OS X에 나타나지만 불행하게도 현재로는 이 문제는 우리의 손을 떠난 것입니다. 만일 애플의 오라클이 이 문제를 해결해주지 않는 한 이 시뮬레이션들은 제대로 작동하지 않을 것입니다..