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Mountain Lion (OS X 10.8)에 의해 도입된 Gatekeeper는 사악한 앱의 시작을 방지하기 우해 제작되었습니다. 따라서 이 기준에 부합하는 앱을 시작하면 Gatekeeper가 이를 저지합니다. 이 문제를 해결하기 위해서는 다음과 같이 하십시오:

1. 사용하고자 하는 각 시뮬에이션의 jar file을 내려받으십시오.
2. Finder에서 그 시뮬에이션 아이콘을 오른쪽 마우스 클릭하십시오.
3. 나타나는 메뉴 상단에서에서 Open을 선택하십시오.
4. 대화상자의 Open을 클릭하십시오. 그리고 사용자의 이름과 비밀번호를 입력하십시오.

자바와 플래시 버전의 "분자의 구조", "지각판 구조 지질학", "분자의 구조: 기초"는 여러 OS와 자바의 결합을 지원하지 않는 고급 그라픽 기술(LWJGL)을 사용합니다.. 따라서 이 대화창의 모든 OS X에 나타나지만 불행하게도 현재로는 이 문제는 우리의 손을 떠난 것입니다. 만일 애플의 오라클이 이 문제를 해결해주지 않는 한 이 시뮬레이션들은 제대로 작동하지 않을 것입니다..