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Gatekeeper, lanzado en Mountain Lion (OS X 10.8), está diseñado para evitar que se ejecuten aplicaciones potencialmente maliciosas. Cuando intenta ejecutar una aplicación que no cumple con ciertos criterios, Gatekeeper bloqueará la ejecución. Para evitar esto, haga clic derecho en la aplicación y seleccione Abrir. Para hacerlo:

1. Descargue el archivo .jar para cada simulación que desea usar (o descárguelos todos).
2. En Finder, haga clic derecho en el ícono de la simulación.
3. Select Open from the top of the contextual menu that appears.
4. Click Open in the dialog box. If prompted, enter an administrator name and password.


Firefox:
Cuando abra una simulación en Firefox aparecerá un cuadro de diálogo preguntando que debe hacer Firefox con el archivo. Haga clic en Abrir con Java Web Start (por defecto). Si aparece un mensaje que dice que la simulación "no se puede abrir porque es de un desarrollador desconocido", siga las instrucciones en la FAQ pertinente y descargue el archivo .jar para esa simulación.

Chrome:
Cuando abra una simulación en Chrome, el navegador le preguntará automáticamente si desea Eliminar o Guardar el archivo. El mensaje aparece en la parte inferior de la pantalla. Haga clic en 'Guardar'. Luego aparecerá un ícono mostrando el archivo descargado. Haga clic en el ícono para ejecutar la simulación. Si aparece un mensaje diciendo que la simulación "no se puede abrir porque es de un desarrollador desconocido", siga las instrucciones en la FAQ pertinente y descargue el archivo .jar para esa simulación.

Safari:
Cuando abra una simulación en Safari, el navegador descargará automáticamente el archivo .jnlp luego de hacer clic en "Ejecutar Ahora". Sin embargo, no se dará una notificación. Haga clic en el botón Descargas para ver las descargas recientes. Haga clic en el archivo .jnlp más reciente para ejecutar la simulación. Si aparece un mensaje diciendo que la simulación "no se puede abrir porque es de un desarrollador desconocido", siga las instrucciones en la FAQ pertinente y descargue el archivo .jar para esa simulación.

Para abrir un archivo '.jnlp' (el tipo de archivo usado para “ejecutar ahora”), necesitará usar Java Web Start. Java Web Start es parte de la instalación por defecto de Java. Si aparece un cuadro de diálogo preguntando qué aplicación usar para abrir el archivo y hace clic en "Elegir programa", se abrirá su ventana del buscador. Presione Comando-Shift-G para abrir la opción 'ir a la carpeta'.
Pegue esta carpeta: /System/Library/CoreServices
Aquí es donde se encuentra Java Web Start en la instalación mac por defecto. Debe haber un archivo ejecutable llamado 'Java-Web-Start'. Seleccione esta aplicación.

Las versiones de Java y Flash de 'Formas de la Molécula', 'Tectónica de Placas', y 'Formas de la Molécula: Conceptos básicos' se basan en bibliotecas gráficas avanzadas (LWJGL) que no son soportadas por muchas combinaciones de OS y Java. Este cuadro de diálogo aparece en todos los sistemas Mac OS X. Desafortunadamente, en este momento el problema de incompatibilidad se sale de nuestras manos. A menos que Oracle o Apple arreglen este problema, es poco probable que estas simulaciones funcionen de manera efectiva.